Por ocasi?o da Campanha do Contestado (1912 – 1916), o 5o Regimento esteve sempre presente. Sob o comando do Coronel Sebasti?o Basílio Pyrrho, constituiu a base da expedi??o mandada para aquela regi?o, logo após o fracasso do Regimento de Seguran?a Pública do Paraná, diante dos jagun?os do “monge” José Maria. Participou ainda das expedi??es de dezembro de 1913 e de 1914. Nesta última juntamente com os 4o e 6o Regimentos de Infantaria e mais o 54o Batalh?o de Ca?adores.
Durante estas expedi??es, as tropas do 5o Regimento foram destaque nos combates de Taquaru?u e Caraguatá.
Por ocasi?o da opera??o de cerco que p?s fim `insurrei??o, o 5o Regimento, sob o comando do Coronel Pyrrho, foi a base da Linha Oeste, impedindo a fuga dos insurretos para o oeste, assim como manteve a seguran?a do tráfego ferroviário, um dos eixos de suprimento para as for?as federais.
Após a Campanha do Contestado, em 1917, o Regimento teve sua sede transferida para Florianópolis. Onde após dois anos, em 1919, o Regimento foi desmembrado em três unidades. O 13o Batalh?o de Ca?adores, com sede em Joinvile, o 14o Batalh?o de Ca?adores, em Florianópolis e o 5o Regimento de Infantaria, ao qual n?o foi distribuído efetivo. Assim ficou até 1925 quando foi transferido para Lorena, onde recebeu seu efetivo.