A missão de Luís Alves de Lima e Silva era a de pacificar o Maranhão, tendo-lhe sido concedida autorização de penetrar no Piauí e no Ceará, se necessário, ficando sob suas ordens todas as forças operantes nessas Províncias.

O Coronel Lima e Silva chegou ao Maranhão em 4 de fevereiro e tomou posse três dias depois, em meio a contentamento geral. Dirigiu então de São Luís uma proclamação a toda a Província:

"Maranhenses! Nomeado Presidente e Comandante das Armas desta Província, por Carta Imperial de 12 de dezembro de 1839, eu venho partilhar das vossas fadigas e concorrer quanto em mim couber para a inteira e completa pacificação desta bela parte do Império. Um punhado de facciosos, ávidos de pilhagem, pôde encher de consternação, de luto e sangue vossas cidades e vilas! O terror que necessariamente deviam infundir-vos esses bandidos concorreu para que engrossassem suas hordas; contudo, graças à Providência, as vitórias até hoje alcançadas pelos nossos bravos, seu número começa a diminuir diante das nossas armas. Mais um esforço e a desejada paz virá curar os males da guerra civil. Qualquer que seja o estado em que se achem hoje os rebeldes, eu espero com os socorros que o governo geral vos envia e com a força que me acompanha, fortificar nossas fileiras e não abandonar-vos enquanto os não houver debelado (...) Maranhenses! Mais militar que político, eu quero até ignorar os nomes dos partidos que por desgraça entre vós existam (...) e, confiando na Divina Providência que por tantas vezes nos tem salvado, espero achar em vós tudo o que for mister para triunfo da nossa santa causa"

Pacificação.

O Coronel Luís Alves obteve logo a confiança das facções em luta. Reorganizou os meios disponíveis, dispensando os excessos; colocou o pagamento em dia; instruiu e preparou a tropa, criando a Divisão Pacificadora do Norte, estruturada em três colunas (Fig 1). As tropas que estavam nas comarcas de Caxias e Pastos Bons ficaram pertencendo à 1ª coluna, sob o comando do Tenente-Coronel Francisco Sérgio de Oliveira; a brigada do Tenente-Coronel João Tomás Henriques compôs a 2ª coluna, atuando em Vargem Grande e Brejo; finalmente, a 3ª coluna, sob o comando do Tenente-Coronel Luís Antônio Favilla, com a incumbência de varrer a zona de Icatu. A guarnição da capital ficou entregue ao Coronel Manuel de Magalhães.

Caxias organizou hospitais e nomeou médicos, cirurgiões e capelães para todos os acampamentos. Restaurou a disciplina e o moral das forças legalistas. Como Presidente da Província, favoreceu a lavoura e procurou incrementar as trocas comerciais da capital com o interior. Como era natural, encontrou dificuldades para executar o planejamento militar e administrativo. Soube, no entanto, encontrar soluções satisfatórias para todos os problemas.

Dos rebeldes, cerca de 2 mil estavam espalhados por toda a região nordeste do Maranhão, entre Brejo e Tutóia; em Pastos Bons havia também o mesmo número; nas proximidades de Caxias existiam também alguns bandos. Eles não tinham acampamento fixo e atacavam os locais fracamente defendidos. Ao todo eram mais de 6 mil. Convinha ter sempre as vilas bem guarnecidas, em particular nas regiões de Tutóia, Icatu, Rosário, Itapicuru-Mirim, Caxias, Anajatuba e São Luís, bem como no vale do rio Parnaíba, desde Brejo até Pastos Bons.

Com as tropas bem dispostas, o Coronel Lima e Silva procurou operar em toda a Província, iniciando a campanha pela comarca de Brejo, utilizando com freqüência o envolvimento e a técnica atualmente conhecida como martelo e bigorna.

O governo funcionava normalmente. Confiante nos auxiliares diretos, começou o Presidente a sair da capital e a dirigir por vezes pessoalmente as operações contra os rebeldes. Contudo, não se descuidava de suas obrigações em São Luís e retornava para tomar as decisões governamentais que exigissem sua presença.

Lima e Silva soube enfrentar com paciência todas as dificuldades materiais da tropa. Aos poucos foram se rarefazendo os efetivos de Raimundo Gomes.

A notícia da maioridade de D. Pedro II chegava à Província a 23 de agosto de 1840 e Lima e Silva soube explorá-la em favor da integração nacional, divulgando nova proclamação:

"Maranhenses! Uma nova época abriu-se aos destinos da grande família brasileira. Sua Majestade o Imperador (...) assumiu os direitos que pela Constituição do Estado lhe competem. Declarado maior, ei-lo enfim como símbolo de paz, de união e de justiça, colocado à frente da Nação que o reclamava. (...) Maranhenses! Um sublime pensamento deve agora inflamar o coração brasileiro, (é) o respeito às leis e o esquecimento de vergonhosas intrigas que só tem servido para enfraquecer-vos; um só partido, enfim, o do Imperador."