Com a Independência, é elaborada a “Tabela de Nova Organiza??o, que transforma o 3o Regimento de Fuzileiros da Corte, em 4o Batalh?o de Ca?adores, com sede no Rio de Janeiro.
Em 1824, eclode, em Pernambuco o movimento republicano, separatista, conhecido como a “Confedera??o do Equador”. Para combate-lo, parte do Rio de Janeiro a 3a Brigada de Infantaria, sob o comando do Brigadeiro Francisco de Lima e Silva (pai do Duque de Caxias). Integrando esta Brigada, lá estava o 4o Batalh?o de Ca?adores.
No ano seguinte, vamos encontrar o 4o Batalh?o, agora de Infantaria Ligeira, participando da guerra contra a Argentina (1824-1828), onde destacou-se de maneira marcante no combate de Passo do Rosário, retornando para o Rio de Janeiro somente em 1832.
Novas denomina??es foram sendo dadas a esta unidade. Em decreto de 2 de agosto de 1832, passa denominar-se 2o Batalh?o de Ca?adores, em 19 de abril de 1851, passa a ser o 10o Batalh?o e no ano seguinte, em 30 de setembro, denominar-se-á 9o Batalh?o de Ca?adores, com sede em Recife.
Ao deflagrar-se a Guerra da Tríplice Alian?a, o 9o Batalh?o segue para o teatro de opera??es, integrando a 9a Brigada de Infantaria. Permaneceu no teatro de opera??es por cinco anos, participando de inúmeros combates onde sempre foi destaque. Na Batalha Naval de Riachuelo, combateu como tropa embarcada. Prosseguiu combatendo em: Potrero Obella, Tayi, Estero Bellaco, Piquiciri Avai onde tombou seu comandante, o Tenente-Coronel Francisco de Lima e Silva, atual Patrono do 62o Batalh?o de Infantaria, de Joinvile. Assume, ent?o, o comando do Batalh?o o Major Floriano Vieira Peixoto, futuro Presidente da República. Sob este comando, o 9o Batalh?o participou dos combates de Lomas Valentinas, Itá-ibaté, Angostura, Peribebui, Campo Grande e por fim esteve presente em Cerro Corá, onde tombou o Marechal Francisco Solano Lopes, Presidente do Paraguai, dando fim a guerra.
O 9o Batalh?o, retorna ao Brasil, em 1870, tendo como destino Recife. Agora com a denomina??o de Batalh?o de Infantaria Ligeira. Permanece na guarni??o até 1888, quando é transferido para Salvador, na Baía, com a denomina??o de 9o Batalh?o de Infantaria (Dec 10.015, de 18 de agosto de 1888).
é este 9o Batalh?o de Infantaria que, nos idos de 1896-1897, participou ativamente de todas opera??es contra a Insurrei??o de Canudos, no sert?o baiano. Uma sua Companhia, sob o comando do Tenente Manoel da Silva Pires Ferreira constituiu a 1a Expedi??o, travando encarni?ado combate corpo-a-corpo com os jagun?os, em Uauá, em 21 de novembro de 1896. Contribuiu com a maioria do efetivo da 2 aExpedi??o, sob o comando do Major Febr?nio de Brito. Eram ao todo 500 homens armados de Camblain e Manlinchen, mais dois canh?es Krupp e duas metralhadoras Nordenfeldt, que enfrentaram os insurretos no combate de Mulungu, por cinco horas, e no dia seguinte foram levados a enfrentar cerca de 4.000 jagun?os dos quais 800 ficaram no campo de batalha.
Um mês depois, retorna o 9o Batalh?o de Infantaria, agora com todo o seu efetivo, sob o comando do Coronel Tamarino, integrando a Brigada do Coronel Ant?nio Moreira Cesar. Constituindo a ala direita da Brigada, o 9o Batalh?o investe contra Canudos. Lamentavelmente, após sete horas de combate encarni?ado, tomba mortalmente ferido o Coronel Moreira Cesar, tendo o Coronel Tamarino assumido o comando das opera??es. No dia seguinte, após violento ataque dos insurretos é ordenada a retirada. Uma massa humana investe contra o 9o Batalh?o e a retirada resulta em uma desastrosa debandada. O Coronel Tamarino cai ferido. é aprisionado, empalado e degolado pelos jagun?os.
Os insucessos do 9o Batalh?o foram conseqüências do pouco caso que o Império tinha com suas For?as Armadas, após a Guerra da Tríplice Alian?a, deixando-as sucateada, mal armadas e mal equipadas. As reformas do início da república n?o chegaram a sanar estas deficiências.
Apesar do insucesso do Coronel Tamarino, nas opera??es do cerco final a Canudos lá estava, o 9o Batalh?o, combatendo até a vitória final.
Na grande reestrutura??o do Exército, em 1908, foram reunidos sob a denomina??o de 5o Regimento Infantaria, os efetivos do 9o Batalh?o de Infantaria, da Bahía, três Companhias do 33o Batalh?o de Sergipe e mais três do 35o do Pauí. Sua sede passou a ser Porto Uni?o, em Santa Catarina, sendo ano seguinte transferido para Ponta Grossa, no Paraná.
Por ocasi?o da Campanha do Contestado (1912 – 1916), o 5o Regimento esteve sempre presente. Sob o comando do Coronel Sebasti?o Basílio Pyrrho, constituiu a base da expedi??o mandada para aquela regi?o, logo após o fracasso do Regimento de Seguran?a Pública do Paraná, diante dos jagun?os do “monge” José Maria. Participou ainda das expedi??es de dezembro de 1913 e de 1914. Nesta última juntamente com os 4o e 6o Regimentos de Infantaria e mais o 54o Batalh?o de Ca?adores.